Prometheus kể về một nhóm các nhà khoa học và nhà thám hiểm trên boong tầu Prometheus chỉ với mục đích duy nhất là tìm ra lời giải đáp cho các câu hỏi uyên thâm về sự sống. Hai nhà khoa học trẻ tài ba Shaw (do Noomi Rapace thủ vai) và Holloway (do Logan Marshall-Green thủ vai), với những động cơ hoàn toàn trái ngược nhau, là thủ lĩnh của đoàn thám hiểm này. Shaw là một tín đồ, cô muốn được gặp những vị Chúa, trong khi đó, Holloway lại muốn chứng mình rằng những khái niệm tôn giáo truyền thống này là hoang đường. Trong quá trình thực hiện các thí nghiệm khảo cổ, họ đã phát hiện ra những manh mối quan trọng qua những chạm khắc trên các hang động – vết tích của một nền văn minh cổ đại trên thế giới, và họ đã thuyết phục được tổ chức Weyland Industries tài trợ ngân sách để thực hiện một chuyến thám hiểm.